En su obra Sobre la división de la naturaleza, Escoto, siguiendo al Pseudo Dionisio Areopagita y Boecio, afirma la posibilidad de creer en la existencia de Dios, y de comprendérselo por medio de sus manifestaciones divinas otorgadas a las criaturas (teofanías). Ahora bien, así como se puede decir algo de Dios (Dios es bondad), así también, en realidad, al afirmarlo, se lo está "limitando al entendimiento", y Dios no se agota en la razón humana; más bien, Dios está más allá de la razón humana, porque desde el momento que se le atribuye una esencia - se lo piensa en el plano del ser -, se lo determina y limita. Sin embargo, para el Erígena, Dios está por encima del ser y de la razón humana. Para Escoto, ni siquiera Dios podría comprender su propia esencia en tanto que no es todo lo que se le podría predicar o atribuir. Asimismo, Dios no puede comprender su esencia porque si así lo hiciera, necesitaría verse a sí mismo en sus criaturas (lo creado), esto es, en sus manifestaciones que están en el plano del ser. Ergo, "Dios se crea, creando", y por esto si se pensara a sí mismo, se limitaría. En esta obra Escoto divide el ser en cuatro naturalezas: 1) la naturaleza increada y creadora: Dios entendido como origen de todas las cosas; es inexpresable y solo se tiene noticia de él a través del ser de las cosas que origina (lo que en Aristóteles sería la causa eficiente); 2) la naturaleza creada y creadora: Dios entendido como mundo inteligible de la ideas divinas (en Aristóteles, causa formal); 3) la naturaleza creada y no creadora: el mundo perceptible mediante los sentidos, manifestación del mundo de las ideas (causa material); 4) la naturaleza increada y no creadora: Dios, entendido como fin último de todas las cosas (causa final).
