Desarrolló una larga carrera como profesor universitario, ocupando sucesivamente puestos docentes, catedrático de derecho romano de la Universidad de Leipzig en 1848 (aunque perdió la cátedra por sus actividades políticas, al apoyar a los monárquicos frente a los republicanos, posteriormente se enfrentó con los primeros al protestar por sus violentas represalias), recibió la cátedra de derecho romano de la Universidad de Zúrich en 1852, fue profesor de filosofía en la Universidad de Breslavia en 1854 y catedrático de historia antigua en la Universidad de Berlín en 1858. Sus obras, muy numerosas, estudian principalmente todo lo referente a la antigüedad romana: derecho, historia, filología, epigrafía, numismática, llevando elementos nuevos a todas las ciencias. Resumiendo, podemos decir que Mommsen es aún hoy admirado por su maravillosa actividad, su profundidad y altura de miras, la exactitud de su punto de vista científico y la universalidad de sus conocimientos. El 1 de noviembre de 1903 moría Theodor Mommsen en su casa de Marchstrasse (Charlottenburg, Berlín). Intelectuales y hombres de Estado de Europa entera expresaron su pesar por la muerte del más grande de los investigadores de la Roma antigua, del genial coordinador de decisivos proyectos científicos, del infatigable estudioso de la Antigüedad, del político comprometido con la vida pública de su tiempo.